De Stichting Protestantse Begraafplaats Charlois is een op zichzelf staande stichting, die moet zorgen voor een gezonde financiering zonder subsidies van de overheid of steun van andere organisaties.
De exploitatie van de begraafplaats wordt betaald uit de opbrengsten van grafrechten, d.w.z. uit de bedragen die voldaan worden bij het begraven in een algemeen graf of een plantenbedgraf en bij het begraven in eigen graven dan wel bijzettingen in grafkelders.
Het onderhoud van graven en grafstenen moet worden afgekocht.
Deze bedragen gaan naar het onderhoudsfonds, waaruit jaarlijks een bedrag wordt geput om het onderhoud te bekostigen.